阅读论文、管理文献、整理文献是从事科研的小伙伴需要很重视的三个重要问题。
因为我们的知识，我们的思路甚至灵感很多都来自于文献。读好文献就是每个科研人员的必修课。
想要从文献中获取足够的信息和知识，记文献笔记就是一个必须要有的过程。
为什么一定要记文献笔记
1. 是人都会忘。你读了一篇文献后，如果什么都不记录，那么可能用不了一两个月就会忘记这篇文献的细节，再过段时间，连这篇文献都没读过也许都记不得。记录笔记的第一个重要目的就是防止你遗忘。
文献很多，记忆再好也不可能都记得住，而且文献的知识密度都很大，各种细节如果不通过笔记记录下来可能读过就被忘到了一边
2. 记笔记其实也是个学习的过程。记笔记的时候，你会把文献中的关键信息、主要内容都标记或者记录下来，这本身就是一种学习。
而且更重要的是，当你阅读了大量文献之后，这种精炼过的知识汇聚到一起就会构建你自己的知识体系。
3. 在写论文的时候方便引用。很多时候我记文献笔记的另一个作用就是方便在写论文的时候引用文献。比如某种算法，某些事实，如果你写论文的时候再去翻看文献那花费的时间就太多了，有了文献笔记，你也许只需要翻看几页笔记就知道自己该引用哪篇文献。
我知道，你感兴趣的是如何记录文献笔记。接下来咱们就具体聊聊。
如何记录文献笔记？
首先说一个最传统的文献笔记记录方式——纸质文献的笔记记录。
虽然论文阅读逐渐走向无纸化，但在阅读那种特备难特别重要的史诗级论文时，我们很多人还是习惯把论文打印下来，边读边写写画画。尤其是那种重要的综述性文章，需要像教材一样反复研读的，更是最好打印出纸质版来读。
纸质论文不仅读起来更舒服（毕竟屏幕大小有的时候限制了我们的论文阅读舒适度，平时在家或者旅行途中用的笔记本电脑屏幕读论文还是太小）而且可以随时随地拿来阅读，随时随地添加你的任何想法在论文上。
你可以像读书的时候在课本上记录批注一样去记录你的文献笔记，这种方式也是比较推荐的。比如这样——
因为下次再拿起这篇论文，你就可以一下子知道你当时记录的那些内容对应论文中的哪些部分或者哪句话。
软件记录论文笔记——二合一模式
我们现在用得更多的，可能是使用软件记录论文笔记。软件并不仅仅是一个工具，它还是一种记录模式。
为了方便文献管理和文献笔记管理，我自己采用“二合一”的笔记记录方式。也就是使用文献管理工具+PDF阅读器记录文献笔记。
这种记录文献笔记的方法其实将笔记分成了两个层次：
第一层是总览、纲要、摘要层。
第二层是更加具体的内容。这两个层次的笔记分别由两类软件来实现。
第一层——使用文献管理工具记录文献的纲要、摘要、总览
专业的文献管理软件在文献的收集、归纳、整理以及后续在写论文时候参考引用都给我们提供了极大的便利。
文献管理工具的长处是将归类整理得更加系统和清晰，而许多PDF浏览器都有批注和记录笔记的功能，这两种工具结合起来使用堪称绝配，效果和效率直接拉满。
大家用得比较多的文献管理工具比如Endnote，Mendeley，NoteExpress，Zotero等，软件各有所长，但主要功能都能实现文献高效管理以及后续在写论文中的快速生成和管理参考文献。
比如，我习惯使用Zotero管理文献，它的浏览器中直接收藏文献模式非常好用，有的时候在网上查到一篇文献，就可以一键收藏进自己的文献库中。甚至不止是文献，一个网页，一个视频，你都可以收录到你的文献库中。
而且，在管理文献之外，你还可以直接在软件中记录简单的文献笔记。
比如这个是我的文献库，最左边一栏是你分门别类归类文献的地方（绿色框），中间部分会显示这个类别下你纳入文献库的文献列表（蓝色框）。最棒的地方在于，对于每一篇文献，你都可以记录相应的文献笔记，而且笔记一目了然出现在最右侧栏里（红色框）。
我一般在这里记录的文献笔记都是这篇文献的摘要、总览、亮点这些概括性的东西。
这样做的好处在于，软件已经帮助你把知识结构化了，而且随便你看到哪篇文献，都可以直接看到你当时记录的重点内容。
方便你的查找和快速浏览，不需要点开任何一篇文献，不需要像纸质文献那样翻来翻去，只需要稍稍滑动一下鼠标，你就可以迅速浏览你之前阅读的一些文献的摘要性内容。
尤其是当我们需要援引参考文献的时候，这个第一层次的笔记就足够了。
第二层——使用PDF阅读器记录更加具体的文献笔记
这些内容可能会十分具体，或者涉及技术细节，而且你可以边查阅原文边看到当时阅读的时候记录下的重点内容。
当文献管理软件和PDF阅读器结合，你就可以轻松驾驭更多文献笔记的记录了。而且，有了这两层笔记，不管你是关注文献的概况，还是想要深入技术细节，你都可以做到笔记“深浅结合”，阅读和记录游刃有余。
文献笔记应该记录什么？
最后其实我还要提出一个问题。
事实上，用什么软件记录其实并不是主要问题。比如我用的这种“二合一”的文献笔记记录方式，有的小伙伴会使用Endnote来管理和记录笔记，有的小伙伴愿意用福昕阅读器阅读和批注PDF。
而除了这种“二合一模式”，我还见过用word和excel记录文献笔记的，或者也有人用Evernote这样笔记本软件记录。
不论用什么软件工具，形式上可以千变万化，但内核却万变不离其宗。
比用什么软件、如何记录更关键的问题是，我们的文献笔记应该记录什么？
记录什么其实可以分为两种情况：
略读文献的文献笔记
对于大部分论文，其实我们只需要略读。
对这些文献，你只需要记录文献的主旨内容就行。基本上笔记记录这三条就足够了：
· 作者想解决什么问题？
· 作者通过什么理论/模型来解决这个问题？
· 作者给出的答案是什么？
记录这些内容实际是为了日后引用做出准备。
需要精读的文献笔记
一般来说，只有特别经典或者特别重要的文献需要精读。
不过你也需要知道，即使是需要精读的文献，也并非每一部分都需要仔细研读。毕竟如果你精读过一些文献后，一篇文献当中的有些内容早已经是你的知识储备了，再去费劲重读一次意义不大。
比如对于一个你比较熟悉的领域，一篇新文献的Introduction部分你大概是了解的，这部分你完全可以简单看一遍就过。
所以，其实针对精读的文献，我们可以根据文献每个章节部分的特点，以及文献本身所处领域的特点去记录文献笔记。
我们常见的科研文献有特定的组织结构，对于每个章节部分，我们需要记录或者捕捉不同的内容。以生物信息学这个领域的文献举例来说，我们每个部分应该记录下面这些内容：
引言（Introduction）——奠定研究基础，阐述研究背景和现状
l 作者为什么要做这项工作？意义是什么
l 目前本领域的相关研究进展如何，它们有什么优缺点？
l 本研究所参考的方法，基础都有哪些？
方法（Method）——整个研究使用了什么方法实现的，包括实验方法，数据采集，数据分析方式等。你需要记录：
l 数据从哪里来？做了哪些实验？
l 研究中使用了什么重要指标？
l 模型有哪几个步骤，每一步怎么实现的？起到了什么作用？
结果（Result）——研究得到了什么结果，假设是否支持或者驳斥
l 作者给出了答案是什么？
l 这个方法与其他方法相比有什么区别，进步？
讨论（Discussion）——根据其他人的工作讨论这篇文章工作的结果并得出总体结论
l 本研究有哪些缺陷？
l 有哪些改进的方向？
精读文献需要记录的内容：
引言（Introduction）——奠定研究基础，阐述研究背景和现状
方法（Method）——整个研究使用了什么方法实现的，包括实验方法，数据采集，数据分析方式等。你需要记录
结果（Result）——研究得到了什么结果，假设是否支持或者驳斥
讨论（Discussion）——根据其他人的工作讨论这篇文章工作的结果并得出总体结论
这些问题记录完毕，相信这篇文献你就已经牢牢地把干货和知识都拎出来了。
